本系積極規劃研究發展方向，包括：

• 醫院資訊系統 (Hospital Information Systems)：整合式醫院資訊系統與管理、電子病歷、醫學資訊標準、醫學數位內容等。
   
• 健康照護系統 (Healthcare System Technology)：遠距醫療、醫用嵌入式系統、可攜式生醫儀器與量測、醫用資料通訊等。
   
• 醫療診斷輔助 (Computer-Aided Diagnosis)：生醫訊號處理、醫學影像處理與識別、醫療決策支援系統、人工智慧等。
   
• 生物資訊處理 (Information Processing in Bioinformatics)：生醫資料探勘、平行計算、生醫文件探勘、資訊檢索等。
   
• 生物系統分析 (Modeling and Analysis in Computational Biology)：計算系統生物、生物資訊演算法、生物晶片、基因網路等。
   

期望在現有之教學與研究成果的基礎上，擴展與醫療單位間之整合與建教合作，並推廣本系之教研成果於學界、業界，及一般民眾，促進健康。

本系為唯一隸屬於醫學院之資訊相關科系，在醫學院的支援下，才能將資訊科技深度運用於生物醫學、醫療照護。系上16位教師，皆是學有專精於資訊、醫工、生物資訊的博士，在本系及醫學系的教授教導下，跨領域於醫學、資訊學習知識，必能超越一般科系的學生，奠定將來深造或直接進入職場基礎。

培養具思辨分析、團隊合作及慈濟人文服務精神並具備下列專業之醫學資訊人才：

大學部

1. 生醫基礎知識。

2. 資訊核心技能。

3. 分析並實作生醫資訊系統。

碩士班

1. 醫學資訊基礎知識。
2. 資訊核心技能。
3. 生醫資訊實驗設計與執行。

大學部

1. 基礎數學與統計分析的能力。
2. 生醫基礎知識的能力。
3. 程式設計的能力。
4. 生醫資訊系統分析與實作能力。

碩士班

1. 發掘並分析醫學資訊相關問題的能力。
2. 實驗設計的能力。
3. 實驗執行與結果解釋的能力。