91學年度
- 慈濟大學正式成立「醫學資訊學系」，設置於「醫學院」招收一班 50 人
- 系主任：賴院長明亮教授
- 系顧問：李錫堅教授
- 專任教師：張顯洋副教授（由公共衛生學系轉調本系）、潘健一助理教授（新聘）
- 班組導師：李錫堅、潘健一、黃兆民
- 91/11正式啟用「福田樓」，取得五樓H501、502、503、504、505可使用空間
- 成立系辦公室成立「資訊科技教學實驗室」（H505）
- 成立系學會
- 「醫學資訊研究所碩士班」增設案，呈報教育部
92學年度
- 系主任：李錫堅教授（92/08/01~93/02/15）
- 代理系主任：賴院長明亮教授 （93/02/16~93/07/31）
- 專任教師：李錫堅教授（交通大學 借調）、張顯洋副教授、潘健一助理教授、鄭仁亮副教授(92學年度 第1學期 新聘)、陳信志助理教授(92學年度 第1學期 新聘)
- 班組導師：李錫堅、黃兆民、鄭仁亮、潘健一、張顯洋、陳信志
- 取得本校福田樓五樓H506、507、510、511、512、513、514
- 空間擴增「資訊科技教學實驗室」（H506）
- 成立「影像處理實驗室」、「智慧型照護系統與軟體工程實驗室」、「遠距照護實驗室」、「應用生物資訊與生物醫學實驗室」、「隨身健康實驗室」
- 通過「醫學資訊研究所碩士班」增設案，招生名額計 15 名
93學年度
- 正式成立「醫學資訊研究所碩士班」
- 系（所）主任：李錫堅教授
- 專任教師：鄭仁亮副教授、潘健一助理教授、陳信志助理教授、張顯洋副教授（借調 慈濟技術學院）、李錫堅教授（93學年度 第1學期 新聘）
- 班組導師：李錫堅、黃兆民、潘健一、鄭仁亮、張顯洋、陳信志
- 「醫學資訊學系」分組案（「醫學資訊技術組」、「生物資訊組」）呈報教育部設立「和心獎助學金」
94學年度
- 系（所）主任：李錫堅教授（94/08~95/01）、劉瑞瓏教授（95/02~）
- 專任教師：李錫堅教授、鄭仁亮副教授、潘健一助理教授、陳信志助理教授、張顯洋副教授（借調 慈濟技術學院）、劉瑞瓏教授（94學年度 第1學期 新聘）、沈祖望助理教授（94學年度 第1學期 新聘）、林紋正助理教授（94學年度 第1學期 新聘）
- 班組導師：李錫堅、黃兆民、鄭仁亮、潘健一、張顯洋、陳信志、沈祖望、劉瑞瓏、林紋正
- 通過「醫學資訊學系」分組案，每組招生名額計 30 名，合計 60 名
- 通過「醫學研究所博士班」設立「醫學資訊組」，招生名額 1 名
- 正式啟用福田樓八樓H801、802、804、805、806、807
- 成立「生醫監控系統教學實驗室」（H806）
- 成立「生醫訊號及人工智慧實驗室」、「網際網路醫學資訊服務實驗室」、「語言技術實驗室」
- 辦理第一屆醫學資訊專題成果展（94/12）
- 第一屆大學部畢業生 22 名、第一屆碩士班畢業生 11 名
95學年度
- 「醫學資訊學系」正式分組（「醫學資訊技術組」、「生物資訊組」）
- 正式於醫學研究所博士班增設「醫學資訊組」，招收 3 名博士生系
- （所）主任：劉瑞瓏教授
- 專任教師：李錫堅教授、劉瑞瓏教授、鄭仁亮副教授、潘健一助理教授、陳信志助理教授、沈祖望助理教授、林紋正助理教授、張顯洋副教授（借調技術學院）、許弘駿助理教授（95學年度 第1學期 新聘）、黃聖方助理教授（95學年度 第1學期 新聘）、陳光琦助理教授（95學年度 第2學期 新聘）
- 兼任教師: 戴文凱副教授、羅壽之助理教授、陳逸光講師、李超群講師、陳星助講師、蔡俊榮講師、劉永森講師、胡青煖講師
- 合聘教師：李燕鳴
- 副教授班組導師：鄭仁亮、潘健一、張顯洋、陳信志、沈祖望、劉瑞瓏、林紋正、許弘駿、黃聖方
- 正式啟用福田樓六樓H603-2
- 教學暨課程規劃委員會：(A) 教師代表： 劉瑞瓏、鄭仁亮、潘健一、陳信志、沈祖望(B) 952學期增列學生代表：陳文祥、周定柏
- 教師評審委員會：劉瑞瓏、李錫堅、張顯洋、鄭仁亮、李燕鳴(合聘副教授)成立「生物資訊與多媒體應用實驗室」、「醫學影像輔助診斷實驗室」
- 辦理第二屆醫學資訊專題成果展（95/12）辦理第一屆畢業系友座談會（96/05/22）第二屆大學部畢業生 44 名第二屆碩士班畢業生 11 名
- 取得 2007國際醫學資訊研討會（MIST2007）主辦權
96學年度
- 系（所）主任：劉瑞瓏教授（96/8~）
- 專任教師：李錫堅教授、劉瑞瓏教授、張顯洋副教授、鄭仁亮副教授、潘健一助理教授、陳信志助理教授、沈祖望助理教授、林紋正助理教授、許弘駿助理教授、黃聖方助理教授、陳光琦助理教授、蕭嘉宏助理教授（96學年度 第1學期 新聘）兼任教師：陳逸光講師、陳星助講師、蔡俊榮講師、李超群講師、劉永森講師、張聖益講師
- 班組導師：張顯洋、陳信志、沈祖望、劉瑞瓏、林紋正、許弘駿、黃聖方、鄭仁亮、潘健一、陳光琦、蕭嘉宏成立系所評鑑委員會自我評鑑委員會：劉瑞瓏、鄭仁亮(96)、陳信志(96)、林紋正(96)、許弘駿(96)、黃聖方(96)
- 教學暨課程規劃委員會：(A) 教師代表：劉瑞瓏、鄭仁亮(96)、陳信志(96)、林紋正(96)、許弘駿(96)(B) 學生代表：黃裕珩、葉尚豐
- 學術審查小組：劉瑞瓏、李錫堅、張顯洋、鄭仁亮、潘健一
- 正式啟用福田樓七樓H706、三樓（H301、H301-1、H302，H307、H308、H309、H 310、H311、H312、H313、H314、H318）
- 成立「醫學數位內容實驗室」、「生醫資訊分析與建模實驗室」、「專題實驗室」、「圖書室」
- 主辦2007年國際醫學資訊研討會 (MIST2007，96/11/16-96/11/17)
- 辦理東華大學資訊工程系聯合專題成果展暨本系醫學資訊成果發表會（96/12）
- 辦理第二屆畢業系友座談會 (97/4/25)舉辦系友大會並成立系友會 (97/4/26)
- 系學會指導教師：林紋正
97學年度
- 系主任：劉瑞瓏教授（97/8~）
- 專任教師：李錫堅教授、劉瑞瓏教授、張顯洋副教授、鄭仁亮副教授、潘健一助理教授、陳信志助理教授、沈祖望助理教授、林紋正助理教授、許弘駿助理教授、黃聖方助理教授、陳光琦助理教授、蕭嘉宏助理教授、詹鎮熊助理教授（97學年度 第2學期 新聘）
- 兼任教師：詹鎮熊助理教授、陳逸光講師、李超群講師、陳星助講師、劉永森講師、黃俊彥講師班組導師：張顯洋、陳信志、沈祖望、劉瑞瓏、林紋正、許弘駿、黃聖方、鄭仁亮、潘健一、陳光琦、蕭嘉宏
- 自我評鑑委員會：劉瑞瓏、許弘駿(續)、林紋正(續)、黃聖方(續)、沈祖望(97)、蕭嘉宏(97)
- 教學暨課程規劃委員會：(A) 教師代表：劉瑞瓏(續)、鄭仁亮(續)、陳信志(續)、林紋正(續)、許弘駿(續)(B) 學生代表：謝仁傑、黃英豪、王淳莆 (C) 專家代表：花蓮門諾醫院資訊部主任曠永恆(D) 畢業生代表：慈大電算中心林煜麒
- 學術審查小組：劉瑞瓏、李錫堅、張顯洋、鄭仁亮、黃聖方
- 醫學院教學暨課程規劃委員會教師代表：黃聖方
- 啟用福田樓七樓之系所新空間
- 電算中心電腦及網路資源管理委員會代表：蕭嘉宏
- 正式啟用福田樓七樓（H701、H701-2、H701-3，H701-4、H702、H702-2、H702-3、H 702-4、H703、H703-2、H703-3、H703-4、H704、H705、H705-1、H706、H707）
- 正式啟用福田樓三樓(東側 H301、H302、H302-1、H303、H305)成立「生物系統整合實驗室」、「系學會辦公室」、「系友會辦公室」、「研討室」兩間。
- 與東華大學資訊工程學系及高雄醫學大學醫療資訊管理學系聯合舉辦醫學資訊專題成果發表會（97/12）
- 辦理第三屆畢業系友座談會；舉行第2次系友大會 (98/3/28)
- 系學會指導教師：沈祖望
98學年度
- 系主任：劉瑞瓏教授（98/8~99/1)；鄭仁亮(99/2~)
- 專任教師：李錫堅教授、劉瑞瓏教授、張顯洋副教授、鄭仁亮副教授、許弘駿副教授、潘健一助理教授、陳信志助理教授、沈祖望助理教授、林紋正助理教授、黃聖方助理教授、陳光琦助理教授、蕭嘉宏助理教授、詹鎮熊助理教授、陳錦龍、李添福助理教授等15位
- 兼任教師：陳逸光講師、李超群講師、陳星助講師、歐陽儒講師、王澤毅助理教授
- 班組導師：張顯洋、沈祖望、、鄭仁亮、黃聖方、潘健一、陳光琦、蕭嘉宏、劉瑞瓏、陳信志、許弘駿、林紋正、詹鎮熊、陳錦龍
- 自我評鑑委員會：劉瑞瓏、張顯洋(98)、蕭嘉宏(續)、詹鎮熊(98)、沈祖望(續)、陳光琦(98)
- 教學暨課程規劃委員會：(A) 教師代表：劉瑞瓏(981當然委員)、鄭仁亮(982當然委員)、許弘駿、沈祖望、黃聖方、詹鎮熊、陳錦龍，任期98~99學年度(B) 學生代表：鄭詠憲、堯柏儒、李洲潤，任期1年(C) 專家代表：花蓮門諾醫院資訊部主任曠永(981)，工研院王澤毅博士(982)(D) 畢業生代表：慈大教務處出版組吳芳倩，任期1年
- 學術審查小組：劉瑞瓏、李錫堅、張顯洋、鄭仁亮、許弘駿
- 學務導師：黃聖方
- 醫學院教學暨課程規劃委員會教師代表：陳信志
- 電算中心電腦及網路資源管理委員會代表：林紋正
- 系學會指導教師：潘健一
- 福田樓七樓成立「醫學生理訊號量測分析實驗室 」、「 網路通訊與醫學資訊安全實驗室」
- 校外服務學習活動：醫院資訊系統課程教師 1 人、學生 51 人，地點：花蓮縣佳民國小、善牧中心、大自然工作室等117人次。
- （98/9/1 ~ 99/1/31）95 級學生專題成果發表會（98/12/24）
- 本系孫美怡學海飛颺補助海外研修學生。(美國，99/01~99/05)
- 第 4 屆畢業系友座談會；第 3 次系友大會 (99/3/13)
- 本系通過教育部-98年度下半年大學校院系所評鑑 (99/6）
99學年度
- 系主任：鄭仁亮(99/2~)
- 專任教師：李錫堅教授、劉瑞瓏教授、張顯洋副教授(借調)、鄭仁亮副教授、許弘駿副教授、潘健一助理教授、陳信志助理教授、沈祖望助理教授、林紋正助理教授、黃聖方助理教授、陳光琦助理教授、蕭嘉宏助理教授、詹鎮熊助理教授、陳錦龍助理教授、李添福助理教授等15位具有博士學位資格的教師
- 兼任教師：陳逸光講師、李超群講師、陳星助講師、歐陽儒講師班組導師：鄭仁亮、沈祖望、李添福、黃聖方、潘健一、陳光琦、蕭嘉宏、劉瑞瓏、陳信志、許弘駿、林紋正、詹鎮熊、陳錦龍
- 自我評鑑委員會：鄭仁亮、張顯洋(98)、陳光琦(99)、詹鎮熊(98)、陳信志(99)、李添福(98)
- 教學暨課程規劃委員會：(A) 教師代表：鄭仁亮(當然委員)、許弘駿、沈祖望、黃聖方、詹鎮熊、陳錦龍，任期98~99學年度(B) 學生代表：吳秉錩、梅 文、鄧煜中，任期1年(C) 專家代表：工研院王澤毅博士，任期1年(D) 畢業生代表：慈大教務處教學卓越中心張熒珊(94級)，任期1年
- 學術審查小組：劉瑞瓏、李錫堅、張顯洋(借調)、鄭仁亮、許弘駿
- 職涯導師：黃聖方
- 醫學院教學暨課程規劃委員會教師代表：陳錦龍
- 電算中心電腦及網路資源管理委員會代表：李添福
- 招生委員會遴選委員：劉瑞瓏
- 福田樓七樓成立「結構生物資訊實驗室」(H706)
- 96 級專題成果發表會（99/12/24）
- 本系伍耀群海外交換生(瑞典，99/09~100/07)
- 辦理第 5 屆畢業系友座談會；舉行第 4 次系友大會 (100/5/21)
100學年度
- 系主任：鄭仁亮(99/2~)
- 專任教師：李錫堅教授(合聘)、劉瑞瓏教授、張顯洋副教授、鄭仁亮副教授、許弘駿副教授、潘健一助理教授、陳信志助理教授、沈祖望助理教授、林紋正助理教授、黃聖方助理教授、陳光琦助理教授、蕭嘉宏助理教授、詹鎮熊助理教授、陳錦龍助理教授、李添福助理教授、黃少偉助理教授等16位具有博士學位資格的教師
- 兼任教師：李超群講師、陳星助講師、歐陽儒講師、馬培芳講師班組導師：沈祖望、張顯洋、李添福、潘健一、陳光琦、劉瑞瓏、陳信志、許弘駿、林紋正、詹鎮熊、陳錦龍、黃少偉
- 自我評鑑委員會：鄭仁亮、劉瑞瓏(100~101)、陳錦龍(100~101)、黃少偉(100~101)、陳信志(99~100)、李添福(99~100)
- 教學暨課程規劃委員會：(A) 教師代表：鄭仁亮(當然委員)、潘健一、林紋正、詹鎮熊、黃少偉、陳光琦、李添福 ，任期100~101學年度(B) 學生代表：戴治仁、陳永秩、鄭勤翰，任期1年(C) 專家代表：工研院王澤毅博士，叡揚科技蘇守謙博士，任期1年(D) 畢業生代表：本校電算中心宋習宇(91級)，任期1年
- 學術審查小組：鄭仁亮、劉瑞瓏、李錫堅(合聘)、張顯洋、許弘駿
- 職涯導師：
- 醫學院教學暨課程規劃委員會教師代表：林紋正
- 電算中心電腦及網路資源管理委員會代表：陳光琦
- 辦理第 6 屆畢業系友座談會；舉行第 5 次系友大會 (101/3/17)
101學年度
- 系主任：鄭仁亮(99/2~)
- 專任教師：李錫堅教授(合聘)、劉瑞瓏教授、張顯洋副教授、鄭仁亮副教授、許弘駿副教授、潘健一助理教授、陳信志助理教授、沈祖望助理教授、林紋正助理教授、黃聖方助理教授、陳光琦助理教授、蕭嘉宏助理教授、詹鎮熊助理教授、陳錦龍助理教授、李添福助理教授、黃少偉助理教授等16位具有博士學位資格的教師
- 兼任教師：李超群講師、陳星助講師班組導師：陳信志、張顯洋、許弘駿、黃聖方、黃少偉、李添福、潘健一、陳光琦、劉瑞瓏、林紋正、詹鎮熊、陳錦龍自我評鑑委員會：鄭仁亮、劉瑞瓏(100~101)、陳錦龍(100~101)、黃少偉(100~101)、潘健一(101~102)、陳光琦(101~102)
- 教學暨課程規劃委員會：(A) 教師代表：鄭仁亮(當然委員)、潘健一、林紋正、詹鎮熊、黃少偉、陳光琦、李添福 ，任期100~101學年度(B) 學生代表：李爵宇、林宛瑩、蘇國鈞，任期1年(C) 專家代表：工研院王澤毅博士，叡揚科技蘇守謙博士，任期1年(D) 畢業生代表：本校電算中心ＯＯＯ(91級)，任期1年
- 教評委員：鄭仁亮、劉瑞瓏、李錫堅(合聘)、蕭嘉宏、李添福
- 職涯導師：黃聖方
- 醫學院教學暨課程規劃委員會教師代表：
- 電算中心電腦及網路資源管理委員會代表：
- 辦理第 7 屆畢業系友座談會；舉行第 6 次系友大會 (102年)